میرحسین موسوی؛ دوران نخستوزیری موسوی در سالهای ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۸، با جنگ ۸ ساله مصادف بود. برنامه موشکی جمهوری اسلامی نیز از همین سالها آغاز شد. در جریان جنگ ۸ ساله، تعدادی راکت «۹کا۵۲ لونا-ام» ساخت شوروی از عراق غنیمت گرفته شد، این راکتها بعدها پایه ساخت موشکهای زلزال شدند.
از سوی دیگر، برخی از اعضای سپاه پاسداران، از جمله طهرانیمقدم، که بعدها فرماندهان اصلی برنامه موشکی سپاه شدند، به سوریه و لیبی برای آموزش اعزام شدند. بر اساس یک روایت، که در رسانههای رسمی جمهوری اسلامی نیز رایج است، جمهوری اسلامی در سالهای ۱۳۶۴ و ۱۳۶۵، حدود ۳۰ موشک «اسکاد-بی» شوروی را از لیبی دوران حکومت معمر قذافی دریافت کرد. دو فروند از این موشکها در حملات به عراق استفاده نشدند و بعدها پایه ساخت «شهاب-۱» شدند. اگرچه مهندسی معکوس و ساخت «شهاب-۱» به وزارت دفاع مربوط بود.
براساس روایت دیگر، در بهمن سال ۱۳۶۴، جمهوری اسلامی با چراغ سبز شوروی، ۳۰ موشک هواسونگ-۵ یا همان «اسکاد-بی» را از کره شمالی خریداری کرد. این خرید پس از آن انجام شد که کره شمالی وامی را برای ساخت این ۳۰ موشک از جمهوری اسلامی دریافت کرد. بعدها خطوط تولید هواسونگ-۵ و ۶ (یا همان اسکاد-بی و سی، که با نام شهاب-۱ و ۲ نیز شناخته میشود) از کره شمالی خریداری و به وزارت دفاع سپرده شد. در وزارت دفاع، منوچهر منطقی، همان نقشی را در برنامه موشکی داشت که در سپاه، طهرانیمقدم داشت. روایتهایی نیز از نقش مهدی هاشمی در برنامه وزارت دفاع وجود دارد.
در این دوره، موسی رفان، فرمانده نیروی هوایی سپاه پاسداران بود. او بعدها از مدیران شرکتهای بزرگ مهندسی نظیر مپنا شد.
در واقع، پاسدارانی که ابتدا در دهه ۶۰ در وزارت دفاع فعال بودند، پس از جنگ ۸ساله، به سپاه رفتند و در آنجا طرحهای موشکی خود را در قالب جهاد خودکفایی پی گرفتند.
اکبر هاشمی رفسنجانی؛ دوره ریاستجمهوری هاشمی رفسنجانی با تاسیس جهاد خودکفایی سپاه همراه بود. در این دوره فرماندهان نیروی هوایی سپاه به ترتیب حسین دهقان و محمدحسین جلالی بودند. دهقان از موسسان جهاد خودکفایی نیز بود و بعدها در دولت روحانی بهعنوان وزیر دفاع منصوب شد. او از آبان ۱۴۰۲ به ریاست بنیاد مستضعفان، یکی از بزرگترین سازمانهای اقتصادی جمهوری اسلامی منصوب شده است.
در دوره ریاستجمهوری هاشمی رفسنجانی موشکهای «هواسونگ-۶» از کره شمالی و «ام-۷» از چین خریداری شدند. «ام-۷»هایی که در این دوره وارد شد، پایه موشکهایی چون فاتح و فتاح شد. در این دوره تنها موشک «شهاب-۲» که بر پایه «هواسونگ-۶» ساخته شده بود، رونمایی شد.
مهمترین پروژههای مربوط به پایگاههای موشکی در این دوره شروع ساخت پایگاه موشکی اصفهان غرب یا «احمد کاظمی» در حاشیه شهر نجفآباد بود. همچنین توسعه اولیه برخی تاسیسات زیرزمینی در این دوره انجام گرفت.
محمد خاتمی؛ دوران ریاستجمهوری خاتمی با فرماندهی قالیباف و احمد کاظمی در نیروی هوافضای سپاه همزمان بود. همانطور که طهرانیمقدم پدر ساخت موشکهای جمهوری اسلامی است، قالیباف عامل اصلی ساخت و گسترش پایگاههای موشکی در کشور بهشمار میرود.
در دوره ریاستجمهوری خاتمی موشکهای «هواسونگ-۷» از کره شمالی به کشور وارد شدند. این موشکها پایه اصلی ساخت موشک «شهاب-۳» اولین موشک جمهوری اسلامی شد که برد آن به اسرائیل میرسید.
در این دوره، جمهوری اسلامی از طریق دلالان اسلحه اوکراینی موشکهای کروز «خا-۵۵» شوروی را خریداری کرد. این موشکها هم پایه تولیداتی شدند که برای هدف قرار دادن اسرائیل و ناوگان ایالات متحده آمریکا در آبهای دورتر طراحی شدند. سری «سی-۸۰۲» چینی هم در همین دوره خریداری شد.
در دوره ریاستجمهوری خاتمی دو موشک «شهاب-۳» و «فاتح-۱۱۰» رونمایی شد. سال ۲۰۰۵ ( از دی ۱۳۸۳ تا دی ۱۳۸۴) در دوره ریاستجمهوری خاتمی یا احمدینژاد، موشکهای «هواسونگ-۱۰» از کره شمالی خریداری شد. این موشک پایه موشک راهبردی «خرمشهر» شد.
براساس آنچه حاجیزاده، فرمانده کشته شده هوافضای سپاه و علی بلالی از فرماندهان نیروی هوافضا گفتند، شروع ساخت زاغههای زیرزمینی موشکی (شهرهای موشکی) خارج از مرکز، از دوران فرماندهی قالیباف، از سال ۱۳۷۶ مصادف با دوره ریاستجمهوری خاتمی آغاز شد.
محمود احمدینژاد؛ در دوره ریاستجمهوری احمدینژاد که همزمان با فرماندهی محمدرضا زاهدی و حسین سلامی در نیروی هوایی سپاه و پس از آن فرماندهی حاجی زاده از سال ۱۳۸۸ در پی تغییر نام به نیروی «هوافضا» سپاه پاسداران به دلیل آغاز فعالتهای فضایی بود، موشک دیگری خریداری نشد. در این دوره شهرهای موشکی سپاه نسبتا توسعه یافتند، اما تحول اصلی این دوره، ورود نیروی هوافضای سپاه، به حوزه فعالیتهای فضایی بود.
حسن روحانی؛ در تمام طول دوره ریاستجمهوری روحانی، حاجیزاده فرماندهی نیروی هوافضای سپاه را بر عهده داشت. در این دوره پایگاههای موشکی که عمدتا در دوره ریاستجمهوری خاتمی و مصادف با فرماندهی قالیباف ایجاد شده بودند، توسعه یافتند و مراکز جدیدی به ویژه در خوشه جنوبی کشور راهاندازی شد.
بیشترین تعداد رونمایی از موشکها در دوره ریاستجمهوری روحانی بود. با اینحال، ندیمی باور دارد این موضوع لزوما به دلیل حمایت خاص روحانی از برنامه موشکی نبوده است. او گفت: «گفته میشود روحانی مشکلاتی هم با برنامه بی در و پیکر موشکی داشته است.»
پس از روحانی؛ از سال ۱۴۰۰ به بعد، در دوران ریاستجمهوری ابراهیم رئیسی و پس از آن مسعود پزشکیان برخی پایگاههای موشکی توسعه یافتند و موشکهای فتاح ۱ و ۲، قیام ۲، پاوه، اعتماد، عماد ۲، خرمشهر ۴، ابابیل و قدر ۳۸۰، رونمایی شدند.